生物资讯分析

Gene expression

HT12晶片提供47,231个探针(probe)来进行人体基因表现(Human gene expression)之侦测。此晶片一次可进行12个样品的实验，其探针之设计为根据Human RefSeq 38，Human RefSeq 38为NCBI(National Center for Biotechnology Information)之资料库，而NCBI所提供的资料库为全世界研究学者所认可，因此HT12晶片所设计的探针是广为被接受的。

实验原理
生物资讯分析项目	Basic analysis(基本分析) Expression profile Normalization Differentially expressed genes identification (根据客户提供sample比较的资讯) Sample clustering by gene expression profile (clustering方法为hierarchical clustering) Advance analysis (进阶分析) Gene Ontology and pathway analysis according to differentially expressed genes Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】RNA 【浓度】80~120 ng/ul 【总量】1ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5 28S/18S>1 RIN >7

Methylation

HumanMethylation450K晶片提供超过450,000个探针(probe)来进行DNA甲基化(human methylation)之侦测。此晶片一次可进行12个样品的实验，为目前进行表观遗传学(Epigenetics)研究最多人选用之平台，也是目前提供最多探针之晶片。

实验原理
生物资讯分析项目	Basic analysis(基本分析) Methylation profile Normalization by Illumina GenomeStudio Differentially methylated probe set identification (根据客户提供sample比较的资讯) Sample clustering by methylation profile (clustering方法为hierarchical clustering) Advance analysis (进阶分析) SSN+BMIQ normalization M-value calculation Differentially methylated probe set and gene set identification (根据客户提供sample比较的资讯) Gene Ontology and pathway analysis according to differentially methylated genes Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】DNA 【浓度】40~60 ng/ul 【总量】>2ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.0 【样品种类】BS-DNA 【浓度】>10 ng/ul 【总量】>10 ng/ul

Genotyping

Omni Array 系列 提供基因型探针，可侦测通用(commom)及较罕见(rare)的基因型。Omni 2.5和Omni 5晶片的差异主要在于探针(probe)的数量以及每片晶片所能进行的样品数目。Omni 2.5的探针数为250万，而Omni 5的探针数为500万。Omni 2.5每片晶片可进行的sample数量为8个，而Omni 5每片晶片可进行的sample数量为4个。

HumanCore系列提供以较低的价格的提供数十万点基因型侦测，针对许多研究单位研究之SNP设计探针(probe)，而HumanCoreExome则是将目标探针设计于exome上，此两种晶片每次进行的样品数量为24个。

如客户想选择适合研究的晶片，可告知我们欲侦测的基因或其基因点位，我们将为您挑选适合的平台。

生物资讯分析项目	Basic analysis(基本分析) Genotyping 结果报告 Allele frequency 结果报告 Advance analysis (进阶分析) Risk calculation for SNP (根据客户提供sample的内容) Haplotype 分析 (根据客户提供sample的内容) Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】DNA 【浓度】40~60 ng/ul 【总量】>1ug 【品质】 A260/280 >1.8~2.2 A260/230 >1.0