定序分析

Genome sequencing

Genome sequencing分为两种，一种为de novo sequencing，另一种为re-sequencing。De novo sequencing 是针对没有参考基因序列(reference genomic sequence)的物种来进行定序，目的在于定出物种的基因体序列，并对该物种做注解(annotation) ，包括gene prediction, protein prediction等等。Re-sequencing则是针对已知基因体序列的物种来进行定序，目的是侦测re-sequencing的样本和已知物种基因体之间的差异，并可藉由差异来探讨多型性对生物体或环境的影响。

生物资讯分析项目	De novo sequencing Quality filter for sequencing data Genome assembly Gene prediction and annotation Customized analysis based on customers’ requirements Re-sequencing Quality filter for sequencing data Variants identification (比对客户所提供的reference genome) Variant annotation Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程	de novo re-sequencing
样品需求	【样品种类】gDNA 【浓度】50~100 ng/μl 【总量】2μg 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5

Target region sequencing/Amplicon sequencing

arget region sequencing目的在于定序出特定区域的序列并找出基因变异(variants)，比方说人体的exon region、特定的基因(gene)等等。相较于全基因体定序，此方法可节省实验成本，为目前研究学者常用的方法。Illumina亦提供TruSight Tumor Sequencing Panel 和TruSight Cancer Sequencing Panel等平台，这两个平台着重于在癌症相关之基因。
Amplicon sequencing目的为定序出特定片段扩增子 (amplicons)。扩增子 (amplicons)为PCR产物，通常由客户自行准备或提供primer。(分析时需要有客户提供参考基因序列)

生物资讯分析项目	Quality filter for sequencing data Variants identification Variants annotation Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】gDNA 【浓度】50~100 ng/μl 【总量】1ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5 【样品种类】PCR product 【浓度】30~60 ng/μl 【总量】1.5ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >0.5

RNA sequencing

RNA sequencing 目的为测定mRNA之表现量以及寻找新的异构体(isoforms)。相较于用microarray(晶片)的方式，RNA sequencing不需要预先设计特异性探针，其范围可以检测到新的转录物、基因融合、单核甘酸变异、插入缺失等等。
此外，RNA sequencing不受限于晶片之萤光强度，能提供更广泛的动态范围。RNA sequencing亦可透过增加定序量检测来侦测弱表现的基因。

生物资讯分析项目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data RNA and gene expression calculation (FPKM) New isoforms identification Differentially expressed genes and RNA identification (根据客户提供sample比较的资讯) Advance analysis (进阶分析) Gene Ontology and pathway analysis according to differentially expressed genes Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】Total RNA 【浓度】50~100 ng/ul 【总量】2ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5 RIN(RQI) >8

small RNA sequencing

Small RNA sequencing 目的为侦测small RNA的表现量以及找未知的small RNA。相较于miRNA晶片，Small RNA sequencing不受限于晶片之萤光强度，能提供更广泛的动态范围，亦不需要预先设计特异性探针，可将定序结果比对资料库(miRBase)。除此之外，可透过进行预测是否可能为新的miRNA、预测其目标基因等等分析。

生物资讯分析项目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data miRNA expression calculation Differentially expressed miRNA identification (根据客户提供sample比较的资讯) Advance analysis (进阶分析) New miRNAs identification miRNA target gene prediction Gene Ontology and pathway analysis according to miRNA target genes (differentially expressed miRNA) Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】Total RNA 【浓度】200~400 ng/ul 【总量】3ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5 RIN(RQI) >8

immune repertoire

Immune repertoire目的为定出CDR3序列以及其表现量。研究CDR3在于immunology非常有帮助， 透过CDR3的序列可应用临床诊断的标记(marker)，也可应用于制药上。

实验原理	其实验设计原理请见:http://www.irepertoire.com/#!technology/c1ycl
生物资讯分析项目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data CDR3 identification Differentially expressed CDR3 identification (根据客户提供sample比较的资讯) Advance analysis (进阶分析) CDR3 clustering TRBV and TRBJ analysis (VJ comparison) Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】Total RNA 【浓度】100~200 ng/ul 【总量】1.5ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5

Metagenomics DNA shotgun sequencing

Metagenomics DNA shotgun sequencing目的为定出样品裡微生物的基因体(总体菌群)，并进一步定出样品裡有哪些基因 (gene)，用于推估样品裡微生物细菌所扮演的功能。

生物资讯分析项目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data Contig assembly Gene prediction and annotation Functional annotation (pathway) Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】gDNA 【浓度】50~100 ng/ul 【总量】1ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5

Metagenomics RNA sequencing

Metagenomics RNA sequencing目的为定出样品裡微生物的mRNA，并进一步根据定出的mRNA进行分析，用于推估样品裡微生物所扮演的功能。另外，透过比较样品之间RNA 基因表现的差异，更能了解微生物调控的方式。

生物资讯分析项目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data transcripts assembly and expression calculation transcripts annotation Functional annotation (pathway) Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】Total RNA 【浓度】50~100 ng/ul 【总量】1ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5

Metagenomics 16S sequencing (bacteria)

Metagenomics 16S sequencing目的在于透过定序细菌16S片段来进行样品中细菌组成之鑑定。此方法为相较于用DNA shotgun的方式来研究细菌组成更为便宜，是目前较常被使用的方法。

生物资讯分析项目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data Taxonomy identification Taxonomy profile (graphic view and text file) Advance analysis (进阶分析) Sample unsupervised classification Supervised PCoA (需要客户提供sample资讯) or unsupervised PCoA Alpha and Beta diversity calculation Significant bacteria identification (需要客户提供sample资讯) Pathogene screening Profiling Oxygen level and Grams staining bacteria for each sample Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】gDNA 【浓度】50~100 ng/ul 【总量】1ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5

Metagenomics ITS sequencing (fungi)

Metagenomics ITS sequencing目的在于透过定序真菌ITS片段来进行样品真菌组成之鉴定。此方法为相较于用DNA shotgun的方式来研究真菌组成更为便宜，是目前较常被使用的方法。

生物资讯分析项目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data Taxonomy identification Taxonomy profile (graphic view and text file) Advance analysis (进阶分析) Sample unsupervised classification Supervised PCoA (需要客户提供sample资讯) or unsupervised PCoA Alpha and Beta diversity calculation Significant fungi identification (需要客户提供sample资讯) Customized analysis based on customers’ requirements
实验与分析流程
样品需求	【样品种类】gDNA 【浓度】50~100 ng/ul 【总量】1ug 【品质】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5